图是表示复杂关系的数据结构,广泛应用于社交网络、知识图谱、生物系统等领域。在这些图中,实体被表示为节点,关系被表示为边。
有效地表示和推理这些复杂的关系结构对于网络科学、化学生物学和推荐系统等领域的进步至关重要。
图神经网络(GNN)已成为图机器学习任务的强大深度学习框架。通过将图拓扑结构集成到神经网络架构中,GNN可以学习低维向量表示,编码节点特征和结构角色。这使得GNN在节点分类、链接预测和图分类等任务中取得了最先进的性能。
虽然GNN取得了显著进步,但仍然存在一些关键挑战。获取高质量的标记数据来训练监督GNN模型可能很昂贵且耗时。另外,GNN可能难以处理异构图结构和图分布在测试时与训练数据显著不同的情况(分布外推广)。
同时,大型语言模型(LLM)如GPT-4和LLaMA凭借其令人难以置信的自然语言理解和生成能力,正在不断发展。这些模型是在大量文本语料库上训练的,具有数十亿个参数,展现出令人惊叹的少样本学习能力、任务间的泛化能力和常识推理能力,这些能力曾经被认为是人工智能系统难以实现的。
LLM的巨大成功催生了利用其力量来增强图机器学习任务的探索。在一方面,LLM的知识和推理能力为传统GNN模型提供了增强的机会。另一方面,图中的结构化表示和事实知识可以帮助解决LLM的一些关键局限性,例如幻觉和缺乏可解释性。
图神经网络和自监督学习
为了提供必要的背景,我们将首先简要回顾图神经网络和自监督图表示学习的核心概念和方法。
图神经网络架构

图神经网络架构 – 来源
传统深度神经网络和GNN之间的关键区别在于它们直接操作图结构数据的能力。GNN遵循邻域聚合方案,每个节点聚合来自其邻居的特征向量来计算其自己的表示。
已经提出了许多GNN架构,具有不同的消息和更新函数实例化,例如图卷积网络(GCN)、GraphSAGE、图注意力网络(GAT)和图同构网络(GIN)等。
最近,图转换器通过将自然语言转换器中的自注意力机制适应图结构数据而获得了流行。一些例子包括GraphormerTransformer和GraphFormers。这些模型能够比纯粹基于邻域的GNN更好地捕获图中的长距离依赖。
图上的自监督学习
虽然GNN是强大的表示模型,但其性能往往受到缺乏大型标记数据集的限制。自监督学习已经成为一种有前途的范式,用于在无标记图数据上预训练GNN,利用仅需要图的内在结构和节点特征的预训练任务。
一些常见的预训练GNN的预训练任务包括:
- 节点属性预测:随机掩蔽或破坏节点属性的一部分,并要求GNN重构它们。
- 边/链接预测:学习预测节点对之间是否存在边,通常基于随机边掩蔽。
- 对比学习:最大化同一图样本的图视图之间的相似性,同时将不同图的视图推开。
- 互信息最大化:最大化局部节点表示和目标表示(如全局图嵌入)之间的互信息。
这些预训练任务使GNN能够从无标记图数据中提取有意义的结构和语义模式。在预训练后,GNN可以在相对较小的标记子集上进行微调,以在节点分类、链接预测和图分类等任务中取得出色的性能。
通过利用自监督,GNN在大型无标记数据集上进行预训练,表现出更好的泛化、鲁棒性和效率,相比从头开始训练。然而,传统GNN基于自监督方法仍然存在一些关键限制,我们将探讨如何利用LLM来解决这些问题。
使用大型语言模型增强图机器学习

图和LLM集成 – 来源
LLM在自然语言理解、推理和少样本学习方面的卓越能力为增强图机器学习管道的各个方面提供了机会。我们将探讨一些关键的研究方向:
在应用GNN时,一个关键挑战是获取高质量的特征表示,特别是当节点和边包含丰富的文本属性时。传统上,简单的词袋或预训练的词嵌入模型被使用,但这些方法往往无法捕获细致的语义。
最近的工作已经证明了利用大型语言模型作为文本编码器来构建更好的节点/边特征表示的力量,然后将这些表示传递给GNN。例如,Chen等人利用GPT-3编码文本节点属性,展示了在节点分类任务上比传统的词嵌入模型有了显著的性能提升。
除了更好的文本编码器,LLM还可以用于半监督方式生成原始文本属性的增强信息。TAPE使用LLM生成节点的潜在标签/解释,并将这些作为额外的增强特征。KEA使用LLM从文本属性中提取术语,并为这些术语获取详细的描述,以增强特征。
通过提高输入特征的质量和表达能力,LLM可以将其卓越的自然语言理解能力赋予GNN,从而提高下游任务的性能。
缓解对标记数据的依赖
LLM的一个关键优势是其能够在没有大量标记数据的情况下表现良好,得益于其在大量文本语料库上的预训练。这一少样本学习能力可以被利用来减少GNN对大型标记数据集的依赖。
一种方法是使用LLM直接对图任务进行预测,通过将图结构和节点信息转换为自然语言提示。像InstructGLM和GPT4Graph这样的方法使用精心设计的提示来微调LLM,然后在推理期间以零样本方式生成预测。
虽然使用LLM作为黑盒预测器已经显示出希望,但其性能会在更复杂的图任务中下降,在这些任务中,显式地建模结构是有益的。一些方法使用LLM与GNN结合,GNN编码图结构,而LLM提供增强的语义理解。

图理解LLM框架 – 来源
GraphLLM探索两种策略:1)LLM作为增强器,LLM编码文本节点属性,然后传递给GNN;2)LLM作为预测器,LLM接受GNN的中间表示作为输入以进行最终预测。
GLEM进一步提出了一种变分EM算法,交替更新LLM和GNN组件以实现相互增强。
通过减少对标记数据的依赖,LLM增强的图学习方法可以解锁新的应用并提高数据效率。
使用图增强LLM
虽然LLM非常成功,但它们仍然存在一些关键局限性,例如幻觉、缺乏可解释性和无法保持一致的事实知识。
图,特别是知识图,代表了来自可靠来源的结构化的事实信息,提供了解决这些局限性的有前途的途径。我们将探讨一些新兴的方法:
知识图增强LLM预训练
与LLM在大型文本语料库上预训练类似,最近的工作已经探索了在知识图上预训练LLM,以赋予其更好的事实意识和推理能力。
一些方法通过简单地连接或对齐事实知识图三元组与自然语言文本来修改输入数据。E-BERT将知识图实体向量与BERT的词片嵌入对齐,而K-BERT构造了包含原始句子和相关知识图三元组的树。
LLM在图机器学习中的作用
研究人员已经探索了将LLM集成到图学习管道中的多种方式,每种方法都有其独特的优势和应用。以下是LLM可以发挥的一些主要作用:
- LLM作为增强器:在这种方法中,LLM用于丰富与TAG中的节点相关的文本属性。LLM生成解释、知识实体或伪标签的能力可以增强GNN可用的语义信息,从而提高节点表示和下游任务的性能。
例如,TAPE(文本增强预训练编码器)模型利用ChatGPT生成论文的解释和伪标签,这些解释和伪标签然后被用来微调语言模型。得到的嵌入被输入到GNN中,以进行节点分类和链接预测任务,实现了最先进的结果。
- LLM作为预测器:一些方法直接使用LLM作为图相关任务的预测组件。这涉及将图结构转换为LLM可以处理的文本表示,然后LLM生成所需的输出,例如节点标签或图级预测。
一个值得注意的例子是GPT4Graph模型,它使用图建模语言(GML)表示图,并利用强大的GPT-4 LLM进行零样本图推理任务。
- GNN-LLM对齐:另一个研究方向是对齐GNN和LLM的嵌入空间,使得结构信息和语义信息可以无缝集成。这些方法将GNN和LLM视为独立的模态,并使用对比学习或蒸馏等技术来对齐它们的表示。
MoleculeSTM模型使用对比目标来对齐GNN和LLM的嵌入,使得LLM可以从GNN中获取结构信息,而GNN可以从LLM中获取语义知识。
挑战和解决方案
虽然LLM和图学习的集成具有巨大的潜力,但仍然存在一些需要解决的挑战:
- 效率和可扩展性:LLM通常需要数十亿个参数和大量的计算资源来训练和推理,这可能成为在实际应用中部署LLM增强图学习模型的重大瓶颈,尤其是在资源受限的设备上。
一个有前途的解决方案是知识蒸馏,即将大型LLM(教师模型)的知识转移到较小、更高效的GNN(学生模型)中。
- 数据泄露和评估:LLM是在大量公开数据上预训练的,这些数据可能包括常见基准数据集的测试集,导致潜在的数据泄露和过度估计的性能。研究人员已经开始收集新的数据集或从LLM训练截止后的时间段中采样测试数据,以缓解这个问题。
另外,建立公平、全面的评估基准对于LLM增强图学习模型至关重要,以衡量它们的真实能力并使得有意义的比较成为可能。
- 可转移性和可解释性:虽然LLM在少样本学习和零样本学习方面表现出色,但它们在不同图域和结构上的知识转移能力仍然是一个开放的挑战。提高这些模型的可转移性是一个关键的研究方向。
此外,增强LLM基于图学习模型的可解释性对于在高风险应用中建立信任和促进其采用至关重要。利用LLM的内在推理能力,例如通过链式思维提示,可以有助于提高可解释性。
- 多模态集成:图通常包含不仅仅是文本信息,节点和边可能与各种模态相关,例如图像、音频或数字数据。将LLM扩展到这些多模态图设置中是一个令人兴奋的未来研究机会。
实际应用和案例研究
LLM和图机器学习的集成已经在各种实际应用中展示了令人鼓舞的结果:
- 分子属性预测:在计算化学和药物发现领域,LLM被用于增强分子属性的预测,方法是将分子图中的结构信息纳入其中。LLM4Mol模型利用ChatGPT生成SMILES(简化分子输入线性条目系统)表示的分子解释,并将这些解释用来提高属性预测任务的准确性。
- 知识图完成和推理:知识图是一种特殊的图结构,代表了现实世界的实体和关系。LLM被探索用于知识图完成和推理等任务,其中图结构和文本信息(例如实体描述)需要被联合考虑。
- 推荐系统:在推荐系统领域,图结构通常被用来表示用户-项目交互,节点代表用户和项目,边表示交互或相似性。LLM可以被用来增强这些图,方法是生成用户/项目的侧信息或加强交互边。
结论
LLM和图机器学习之间的协同作用为人工智能研究开辟了一个令人兴奋的新前沿。通过将GNN的结构归纳偏差与LLM的强大语义理解能力相结合,我们可以在图学习任务中,尤其是在文本属性图中,解锁新的可能性。
虽然取得了显著的进步,但在效率、可扩展性、可转移性和可解释性等领域仍然存在挑战。知识蒸馏、公平的评估基准和多模态集成等技术正在为LLM增强图学习模型在实际应用中的实用部署铺平道路。