Naheed Kurji，Cyclica联合创始人、总裁兼首席执行官 – 采访系列

Naheed Kurji是Cyclica的总裁兼首席执行官，Cyclica是一家位于多伦多的生物技术公司，利用人工智能和计算生物物理学重新塑造药物发现过程。Cyclica为制药行业提供了一个集成、整体和端到端的平台，增强科学家设计、筛选和个性化药物的能力，并最近被Deep Knowledge Analytics评为全球前20家人工智能制药公司之一

Cyclica利用人工智能和计算生物物理学重新塑造药物发现过程。您能否讨论人工智能在此过程中的应用方式?

技术在药物发现方面发挥了至关重要的作用，可以追溯到20世纪80年代。然而，药物发现和开发过程仍然非常低效、耗时且昂贵，超过12年耗资超过20亿美元。低效率通常导致高失败率和无法达到药物安全性和有效性里程碑。研究人员意识到这一点，并积极寻找工具来整体理解定义最佳药物的特性，以开发更安全、更有效的药物

最近在云计算、人工智能和生物物理学方面的进步为我们提供了从大量的生物化学、生物学、医疗保健和患者数据中获得深入的见解，以更好地理解疾病。这些进步还使药物化学家能够增强新型治疗方法的设计，并利用人工智能在药物开发过程的早期阶段获得更大的预测洞察力。在Cyclica，我们开发了专有的深度学习引擎MatchMaker和POEM来支持药物设计过程。MatchMaker预测化学化合物和药物与多个蛋白质（称为多重药理学）的相互作用。我们发现，将知识驱动和结构驱动的方法相结合可以获得最大的预测准确性和性能。POEM（Pareto-Optimal Embedded Modeling）是一种用于构建药物属性预测模型的无参数监督学习方法，解决了其他机器学习方法的几个局限性，从而减少了过拟合并提高了可解释性。

在Cyclica，我们使用人工智能为科学家提供一个强大的、经过验证的平台，以加速决策和假设生成，提高药物发现过程的整体效率，并减少下游失败的数量。

Cyclica设计了配体设计和配体表达平台，这是什么?

我们是第一个将计算多重药理学（即药物与多个靶点相互作用）与集成的药物发现平台相结合的公司，该平台可以在整个蛋白质组范围内询问分子相互作用。我们的平台由两个关键部分组成：Ligand Express，我们的第一代非靶点分析和靶点去卷积平台，以及Ligand Design，我们的下一代单靶点和多靶点计算机辅助药物设计技术。Ligand Express和Ligand Design由两个内部构建、验证和专利的机器学习和深度学习引擎MatchMaker和POEM提供支持。MatchMaker是一种深度学习的药物靶点相互作用引擎，可以推广到数据丰富和数据匮乏的靶点（请参见此处和此处的验证说明）。POEM是一种用于吸收、分布、代谢和排泄（ADME）属性预测的机器学习技术，是一种用于模型构建的新颖、无参数方法。

总之，Ligand Design和Ligand Express提供了一个强大的端到端人工智能增强的药物发现平台，用于设计先进、化学新颖的类似分子，同时根据其多重药理学特征优先考虑化合物，有效地最小化不良的非靶点效应。我们的差异化平台为药物发现开辟了新的机会，包括多靶点和多目标药物设计、先导化合物优化、ADMET属性预测、靶点去卷积和药物再利用。由具有机器学习、计算生物物理学/化学/生物学、生物化学和药物化学领域深厚专业知识的多样化和才华横溢的团队驱动，我们正在通过强大的研发管道继续创新。

药物发现的去中心化对Cyclica的商业模式有多重要?

我们的愿景是通过将人工智能和蛋白质生物物理学的深厚基础与创新商业模式相结合，去中心化更好的药物的发现。并且，Cyclica的核心是坚定地希望通过采取整体和个性化的方法来帮助患者，推进更好的药物的发现和开发。

为此，我们认为药物发现的未来掌握在创新研究机构和新兴生物技术公司的手中（我们在Forbes上写过关于这个话题的文章：这里）。支持我们的哲学，2019年IQIVIA报告称，新兴生物制药公司占总研发管道的70％以上（2003年为50％），并且这些公司在2018年申请了超过2/3的新药专利（2010年为50％）。虽然新兴生物技术公司将领导药物发现的创新，但大型制药公司将继续投资于推进晚期临床试验和通过其销售渠道进行市场渗透。

凭借我们的B轮融资，我们将加速商业计划，以创新合作伙伴关系模式推进临床前和临床资产的日益增长的管道。我们的目标是跨多个治疗领域创建和拥有数百个药物发现计划。这些计划是通过与顶级研究机构的外联和合资企业（JV）创建的，主要通过Cyclica学术合作伙伴计划（CAPP）促进。由超过30个活跃和推进的药物发现计划组成的快速增长投资组合驱动，我们将继续通过风险投资创业和与初创和新兴生物技术公司的合作伙伴关系来激发创新。最近的合作伙伴关系包括EntheogeniX Biosciences、NineteenGale Therapeutics、Rosetta Therapeutics、罕见疾病药物加速器和两个涉及多个治疗领域的50多个计划的隐身JV。通过执行我们的去中心化商业模式，创建新的公司并帮助它们扩大规模，我们实际上正在创建生物技术管道的未来。

你们的许多技术都是基于云计算的，为什么这是如此重要的?

云计算使我们能够扩大工作流程的计算规模，并从受监管的安全基础设施中受益。另外，作为一家初创公司，我们能够在不投资自己的硬件的情况下快速启动和运行，这对于我们早期的财务可行性至关重要。展望未来，虽然我们的大部分研发工作是在云上进行的，但在过去的几年里，我们已经减少了对云的依赖，并能够在单机上运行项目。我们还旨在支持私有云安装，因为我们认为这是我们的合作伙伴可能期望的。技术进步使得我们可以在个人笔记本电脑上完成以前需要许多云机器才能完成的任务，但通过继续利用云计算，我们能够大大扩展解决问题的范围。

Cyclica经常在合作伙伴公司中占据股权。您能否讨论这种商业决策背后的理由?

较小的生物技术公司和学术团体通常被市场忽视，缺乏合作伙伴机会。虽然它们可能没有成熟的大型制药公司的资源、基础设施或设施，但小型生物技术公司正在凭借其在特定指标方面的深厚专业知识和适合快速创新的精益组织而受到关注

这使我们思考如何以先进的策略与这些较小的公司接触。我们与有兴趣外联公司或早期生物技术公司的研究人员合作，并通过实物捐赠使他们能够使用我们的AI增强药物发现平台。作为回报，我们在公司中占据股权和/或拥有所创建和追求的化合物和资产的所有权。通过风险投资创业和合作伙伴关系的组合来激发创新，我们可以捕获更大的价值，并与我们的合作伙伴建立长期关系，以解决一系列未满足的医疗需求，改善患者的生活。

Entheogenix Biosciences是Cyclica和ATAI Life Science之间的合资企业。Entheogenix Biosciences到底是什么?

在神经精神疾病的治疗中，有一个独特的创新机会，以更好地服务于复杂精神疾病的患者。目前的药物和治疗方法通常依赖于单一靶点干预，往往不够，需要患者服用多种药物，这可能会带来潜在的安全问题和降低药物依从性。我们与ATAI Life Science合作，利用他们在精神健康和精神活性物质方面的丰富经验，同时赋予他们我们的AI增强药物发现平台的能力，创建不仅仅是新药物，还有正确的药物来解决精神疾病。Entheogenix Biosciences是我们成立的众多合资企业之一，是我们致力于改变精神疾病治疗范式的见证，我们的平台将为主题专家和世界级科学家提供强大的、经过科学验证的计算平台。

您还想分享关于Cyclica的其他信息吗?

虽然我们很高兴地宣布B轮融资的消息，但我们也同样渴望分享Cyclica学术合作伙伴计划（CAPP）的启动和未来几个月的新合作伙伴关系。

感谢您的采访。我期待跟进Cyclica的未来进展。