Naheed Kurji，Cyclica联合创始人、总裁兼首席执行官 – 采访系列

Naheed Kurji是Cyclica的总裁和首席执行官，Cyclica是一家位于多伦多的生物技术公司，利用人工智能和计算生物物理学来重塑药物发现过程。Cyclica为制药行业提供了一个集成的、整体的和端到端的平台，增强了科学家为患者设计、筛选和个性化药物的能力，并最近被Deep Knowledge Analytics列为全球前20家AI制药公司之一

Cyclica利用人工智能和计算生物物理学来重塑药物发现过程。您可以讨论人工智能在此过程中的应用吗？

技术在药物发现中发挥了至关重要的作用，可以追溯到80年代。然而，药物发现和开发过程仍然非常低效、耗时且昂贵，超过12年耗资超过20亿美元。低效率往往导致高失败率和未能达到药物安全性和有效性里程碑。研究人员意识到这一点，并积极寻找工具来整体了解定义最佳药物的特性，以开发更安全、更有效的药物

最近在云计算、人工智能和生物物理学方面的进展为我们提供了深入了解现在可用的大量生物化学、生物学、医疗保健和患者数据的机会，以更好地了解疾病。这些进展还使药物化学家能够增强新型治疗的设计，并使用人工智能在药物开发过程的早期推动更大的预测洞察力。在Cyclica，我们开发了专有的深度学习引擎MatchMaker和POEM来支持药物设计过程。MatchMaker预测化学化合物和药物与多个蛋白质（称为多药理学）的相互作用。我们发现，结合知识驱动和结构驱动的方法可以获得最大的预测准确性和性能。POEM（Pareto-Optimal Embedded Modeling）是一种无参数的监督学习方法，用于构建药物特性预测模型，并解决了其他机器学习方法的几个局限性，结果是过拟合减少，解释性增加。

在Cyclica，我们使用人工智能为科学家提供一个强大的和验证过的平台，以加速决策和假设生成，以提高药物发现过程的整体效率，并减少下游的失败次数。

Cyclica设计了配体设计和配体表达平台，这是什么？

我们是第一个以整体药物发现平台的方式来处理计算多药理学（即药物与多个目标相互作用）的公司。我们的平台由两个关键部分组成：Ligand Express，我们的第一代非目标表型和目标解析平台，以及Ligand Design，我们的下一代单目标和多目标虚拟药物设计技术。Ligand Express和Ligand Design由两个内部构建、验证和专利的机器学习和深度学习引擎提供支持：MatchMaker和POEM。MatchMaker是一种深度学习的药物-目标相互作用引擎，可以推广到数据丰富和数据匮乏的目标（参见验证说明）。POEM是一种用于吸收、分布、代谢和排泄（ADME）特性预测的机器学习技术，是一种用于模型构建的新颖、无参数方法。

总的来说，Ligand Design和Ligand Express提供了一个强大的端到端人工智能增强的药物发现平台，用于设计先进、化学新颖的类似分子的设计，同时根据其多药理学特征优先考虑化合物，有效地最小化不良的非目标效应。我们的差异化平台为药物发现开辟了新的机会，包括多目标和多目标药物设计、引导优化、ADMET特性预测、目标解析和药物再利用。由一个多样化和高才华的团队驱动，他们在机器学习、计算生物物理/化学/生物学、生物化学和药物化学方面具有深厚的专业知识，我们将继续通过我们的强大研发管道进行创新。

将药物发现去中心化对Cyclica的商业模式有多重要？

我们的愿景是通过将人工智能和蛋白质生物物理学的深厚根基与创新商业模式相结合来去中心化更好的药物的发现。并且在Cyclica的核心是坚定地帮助患者通过采取整体但个性化的方法来推进更好的药物的发现和开发的愿望。

为了实现这一目标，我们相信未来药物发现的未来掌握在创新研究机构和新兴生物技术公司的手中（我们在Forbes上写过关于这一点）。支持我们的哲学，2019年IQIVIA报告称，新兴生物制药公司占总研发管道的70％以上（2003年为50％），并且这些公司在2018年获得了超过2/3的新药专利（2010年为50％）。虽然新兴生物技术公司将在药物发现中引领创新，但大型制药公司将继续投资于推进晚期临床试验和通过其销售渠道进行市场渗透。

通过我们的B轮融资，我们将加速商业计划，以创新合作伙伴关系模式推进预临床和临床资产管道的发展。我们的目标是跨多个治疗领域创建和拥有数百个药物发现计划。这些计划是通过与顶级研究机构的衍生和合资企业创建的，主要通过Cyclica学术合作伙伴计划（CAPP）促成。

推动我们快速增长的超过30个活跃和推进的药物发现计划，我们将继续通过创业和与初创和新兴生物技术公司的合作伙伴关系来激发创新。最近的合作伙伴关系包括EntheogeniX Biosciences、NineteenGale Therapeutics、Rosetta Therapeutics、罕见疾病药物加速器和两个涉及多个治疗领域的50多个项目的隐身合资企业。通过执行我们的去中心化商业模式，创建新的公司并帮助它们扩大规模，我们实际上正在创建未来的生物技术管道。

你们的很多技术都是基于云计算的，为什么这是如此重要？

云计算使我们能够扩大我们正在进行的工作流程，并从受监管的安全基础设施中受益。另外，作为一家初创公司，我们能够在不需要投资于自己的硬件的情况下使用云计算，这对于我们早期的财务可行性至关重要。展望未来，虽然我们的大部分研发工作是在云上进行的，但在过去的几年里，我们已经减少了对云的依赖，并能够在单机上运行项目。我们还旨在支持私有云安装，因为我们认为这是我们的合作伙伴可能需要的。技术进步使得我们可以在个人笔记本电脑上做到以前需要许多云机器才能完成的事情，但通过继续使用云计算，我们能够大大扩展我们正在解决的问题的范围。

Cyclica经常在合作伙伴公司中占据股权。您可以讨论这种商业决策背后的理由吗？

较小的生物技术公司和学术团体通常被市场忽视了，尤其是在合作伙伴关系机会方面。虽然它们可能没有成熟的大型制药公司的资源、基础设施或设施，但小型生物技术公司正在以其在特定指标方面的深厚专业知识和适合快速创新的精益组织而进入聚光灯下。

这使我们思考如何以先进的策略与这些较小的公司接触。我们与研究机构中的科学家合作，他们有兴趣将公司或初创生物技术公司旋转出来，并通过实物捐赠使他们能够使用我们的AI增强的药物发现平台。作为回报，我们在公司中占据股权和/或拥有创建和追求的化合物和资产的所有权。通过创业和与初创生物技术公司的合作伙伴关系的结合，我们可以捕获更大的价值，并与我们的合作伙伴建立长期的关系，以解决一系列未满足的医疗需求，改善患者的生活。

Entheogenix Biosciences是Cyclica和ATAI Life Science之间的合资企业。Entheogenix Biosciences到底是什么？

在神经精神疾病领域，有一个独特的创新机会，以更好地服务于患有复杂精神疾病的患者。当前的药物和治疗方法通常依赖于单目标药物干预，往往无法满足患者的需求，需要患者服用多种药物，这可能会带来潜在的安全问题和降低药物依从性。我们与ATAI Life Science合作，利用他们在精神健康和精神活性物质方面的深厚经验，同时赋予他们我们的AI增强的药物发现平台，以创建不仅是新的药物，还有适合解决精神疾病的正确药物。Entheogenix Biosciences是我们成立的众多合资企业之一，也是我们致力于改变精神健康疾病治疗范式的见证，我们将自己的疾病激动的、强大的和科学验证的计算平台交给了主题专家和世界级科学家。

您是否还有其他关于Cyclica的信息想要分享？

虽然我们很高兴地分享我们的B轮融资公告，但我们也同样渴望分享Cyclica学术合作伙伴计划（CAPP）的启动和在接下来的几个月内的新合作伙伴关系。

感谢这次采访。我期待着关注Cyclica的未来进展。