OpenAI presenterar en resonemangsatlas över mushjärnan från GPT-Rosalind-agenter

Den 21 oktober 2026 meddelade OpenAI att företaget, PerturbAI och Scripps Research hade använt tusentals AI-agenter som drivs av GPT-Rosalind för att analysera befintliga experimentella data från miljontals hjärnceller från möss på 32 minuter. Agenternas rapporter sammanställdes till en offentligt tillgänglig resonemangsatlas.

Distribuerat biologiskt resonemang

Metoden, som OpenAI kallar distribuerat biologiskt resonemang, fördelade analysen mellan tusentals agenter som undersökte en CRISPR-atlas över hela hjärnan – en datamängd som visar hur genstörningar påverkar olika celltyper i mushjärnan. Varje agent undersökte en genstörning, analyserade cellernas reaktioner, sökte i den vetenskapliga litteraturen och föreslog förklaringar till resultaten. Agenternas rapporter sammanställdes till en resonemangsatlas som kopplar samman gener, cellulära effekter, relevanta publikationer och möjliga biologiska mekanismer.

OpenAI uppgav att forskargruppen uppskattade att en jämförbar analys utförd av människor, inklusive litteraturgenomgång, skulle ta månader till ett år om den genomfördes med en genpåverkan i taget. Agenterna återskapade resultat från mänskliga analyser och identifierade samtidigt ytterligare spår. Deras bedömningar av resultatens nyhetsvärde och vetenskapliga värde överensstämde med bedömningar från mänskliga experter som inte kände till analysens ursprung.

Sarah Teichmann, professor i stamcellsmedicin vid University of Cambridge och grundande medordförande för Human Cell Atlas, sade i OpenAIs tillkännagivande: ”Vi bygger cellatlaser så att andra forskare kan göra upptäckter som vi ännu inte har föreställt oss. AI skulle kunna hjälpa fler forskare att utforska dessa resurser och omvandla oväntade observationer till nya frågor att undersöka.”

Ett kompletterande förhandsmanuskript, Distribuerade AI-agenter möjliggör omfattande upptäckter av biologiska insikter i stor skala, publicerades på bioRxiv den 16 oktober 2026 och har inte sakkunniggranskats. Författarna är knutna till Howard Hughes Medical Institute och Scripps Research, OpenAI, PerturbAI och University of California San Diego. Xin Jin från Scripps Research anges som korresponderande författare. I redovisningen av motstående intressen uppges att sex av författarna är anställda av OpenAI, två av PerturbAI och att Grace Zheng och Xin Jin är medgrundare av PerturbAI.

Skillnader mellan Tsc2 och Tsc1 samt ett spår om kolesterol

Enligt tillkännagivandet upptäckte agenterna en oväntad skillnad mellan Tsc1 och Tsc2, två gener som tillsammans reglerar mTOR, en viktig regulator av celltillväxt, ämnesomsättning och åldrande. Störningar i endera genen hade liknande effekter i flera grupper av nervceller. I lillhjärnan, som hjälper till att samordna rörelser, förändrade störningar i Tsc2 aktiviteten hos dussintals gener som är involverade i nervcellernas kommunikation, medan störningar i Tsc1 ledde till små förändringar.

I tillkännagivandet påpekas att avvikelser i lillhjärnan hos personer med tuberös skleros är starkt kopplade till mutationer i TSC2. Där står också att läkemedel som minskar mTOR-aktiviteten kan behandla vissa hjärntumörer och epileptiska anfall, men att de inlärnings- och beteendesvårigheter som är förknippade med sjukdomen fortfarande är svåra att behandla. Agenterna pekade ut en specifik grupp nervceller och cellulära förändringar för vidare undersökning.

Agenterna hittade också ett spår i DCTN1, en gen vars mutationer orsakar Perry syndrome, en neurodegenerativ sjukdom med Parkinsonliknande symtom. DCTN1 medverkar till att transportera last inne i nervceller, och i atlasen ledde störningar i Dctn1 till ökat uttryck av gener som är involverade i kolesterolbildning. Agenterna kopplade observationen till forskning som tyder på att problem med kolesteroltransport kan få celler att bilda mer kolesterol. Det väckte följdfrågor om huruvida störningar i DCTN1 förändrar kolesterolets fördelning inuti nervceller och om sådana förändringar skulle kunna bidra till neurodegeneration. Enligt tillkännagivandet bedömde mänskliga experter att hypotesen var ny, betydelsefull och värd att följa upp.

Tomasz Nowakowski, docent i neurologisk kirurgi vid UCSF, sade att den möjliga kopplingen mellan nervcellernas funktion och kolesterolomsättningen visar hur ledtrådar som är spridda över olika forskningsfält kan ge ett nytt sätt att tänka kring sjukdomars biologi när de väl kopplas samman.

Distribuerade agenter jämfört med en enda agent

Teamet undersökte om en enda agent, som fick tillgång till hela datamängden, kunde mäta sig med tusentals agenter som arbetade parallellt, samtidigt som modellen och resurserna hölls oförändrade. När arbetsmängden ökade sökte den enda agenten igenom en mindre del av litteraturen och hänvisade till endast 11 referenser vid den största arbetsmängden, medan de distribuerade agenterna hänvisade till fler än 700. I blindade jämförelser föredrog mänskliga experter de distribuerade agenternas rapporter framför rapporterna från den enskilda agenten i 75 % av fallen.

I förhandsmanuskriptet rapporteras att agenterna, utan tillgång till källmanuskriptet, återskapade dess slutsatser, förutsade effekter av perturbationer som hade hållits utanför analysen och identifierade samband mellan perturbationer med gemensamma eller motsatta utfall vid olika effektstyrkor. Författarna uppger att de distribuerade agenterna utökade sin litteraturbevakning i takt med arbetsmängden och hämtade hundratals gånger fler referenser än en enda agent, samt att mänskliga experter som inte kände till analysens ursprung stödde agenternas rangordning av upptäckterna.

Tillgång till atlasen, koden och datamängden

Resonemangsatlasen och det underliggande ramverket Distributed Agents är offentligt tillgängliga i ett GitHub-arkiv som släppts under MIT-licensen. Arkivet innehåller agentens körmiljö, verktyg för korpusen och de notebook-dokument som använts för manuskriptets analyser, figurer och kompletterande tabeller. Där dokumenteras en värdbaserad, skrivskyddad korpustjänst med MCP-slutpunkter som tillhandahåller resultat, påståenden, stödjande belägg och analysverktyg. Eftersom den värdbaserade servern inte innehåller rådatafilerna tillhandahåller arkivet också instruktioner för att köra ramverket lokalt via Codex CLI. Arkivets senaste incheckning, som uppdaterade hänvisningen till bioRxiv, licensen och dokumentationen för den värdbaserade tjänsten, är daterad den 21 oktober 2026.

Den analyserade datamängden är PerturbAIs atlas över CRISPR Perturb-seq in vivo i hela hjärnan på Hugging Face. På datamängdens informationssida anges att den omfattar 7,7 miljoner celler och 7 739 370 rader på sammanlagt 205 GB, med profilering av enskilda cellkärnor av 19 070 mRNA och 8 588 sgRNA för att mäta effekterna av nästan 2 000 sjukdomsassocierade gener. Cellannoteringarna hämtas från Allen Institute Whole Mouse Brain Taxonomy. På informationssidan anges en bioRxiv-artikel från mars 2026, “Genome-scale functional mapping of the mammalian whole brain with in vivo Perturb-seq”, som den underliggande publikationen för atlasen.

OpenAI uppgav att forskare kan använda atlasen för att jämföra besläktade gener, undersöka oväntade svar och identifiera lovande spår att följa upp. Företaget sade också att resultaten hjälper till att prioritera de ytterligare experiment som behövs för att pröva de föreslagna biologiska mekanismerna.