JapanFold、オープンソースの薬剤探索計算を日本国内に維持

ai& と Tenstorrent は 2026 年 9 月 3 日に JapanFold を立ち上げました。このプラットフォームは、オープンソースの構造生物学モデルを日本国内のインフラだけで提供する薬剤探索プラットフォームです。プラットフォームは ai& の主権インフラ上で、Tenstorrent Galaxy スーパークラスタにより駆動されており、両社はすべての計算が国内で実行されると述べています。

日本の研究者、製薬会社、バイオテック企業は、従来のクラウドインフラのごく一部のコストでモデルにアクセスできると両社は述べています。ai& は推論コストを負担するとし、日本の研究者、大学、研究機関はすべてのモデルを無料で利用できると発表しました。同社は JapanFold を AI for Science における初の本格的な取り組みと位置付けています。

モデルとアクセス

JapanFold は 3 つのカテゴリにわたるモデルを提供しています。構造と結合親和性予測向けには、Boltz-2、OpenFold3、ESMFold-2、OpenDDE、Protenix-v2、RoseTTAFold3、OpenBind-0、Nesso-1 を提供します。de novo 薬剤設計向けには、BoltzGen、RFdiffusion 3、PXDesign を提供し、これらはタンパク質フォールディングから薬剤候補生成までのワークフローを網羅します。ESMC と SaProt は下流タスク向けのタンパク質埋め込みを提供します。

ユーザーはプラットフォームに 3 つの方法でアクセスできます: インストールやサインアップ不要のブラウザベースの Workbench、すべてのモデルが共有する単一の HTTP API エンドポイント、そして Claude Code、Cursor、Codex などのツール向けエージェントスキルです。API は非同期（ジョブは送信され、ポーリングされ、完了後にダウンロードされます）で、デフォルトではキー不要です。オプションで Bearer キーを使用すれば、ジョブを個々の呼び出し元に限定できます。

パブリックサービスは共有コンピュート上で動作する無料デモであるため、入力と同時実行数に上限があり、プラットフォームは構造あたり 1,024 残基を上限とし、レートリミットとダウンロード予算も設定されています。結果は永続的に保存されません: サービスは最新の 1,000 件のジョブを保持し、上限またはストレージ上限に達した場合、最も利用頻度の高い呼び出し元の最古のジョブから順に削除されます。

精度とモデルの制限

ai& は、Tenstorrent プロセッサ上で JapanFold のすべてのモデルを 1:1 の精度で最適化・提供しており、コストプレミアムはかからないと述べています。これは、ハードウェア上でモデルがほぼ線形にスケールし、プロセッサ数を倍増させると出力も倍増するためです。各リリース前に、プラットフォームの出力は各モデルの公式リファレンス実装とパリティが取れているか確認され、比較テストはデバイスがリファレンスのシード間ノイズフロア内に収まっている場合に合格とされます（精度ドキュメント参照）。

このドキュメントには注意事項も記載されています。パリティチェックは根本的な科学的正確性ではなく、ポート側の一致を測定し、同一入力に対するリファレンス実装との比較であり、実験構造との比較ではありません。OpenFold3 の重みは、完全な AlphaFold3 スケジュールに達していないプレビューチェックポイントであるため、予測を信頼する前に信頼度スコアを確認する必要があります。OpenDDE のチェックポイントはリファレンス実装と一致しますが、いくつかの難しい抗体‑抗原ターゲットに対する実装の弱点も同様です。

同伴記事で、ai& の共同創業者である原 伸平 と David Bennett は、ローンチの計算経済性を説明しています。彼らは、フォールディングモデルは言語モデルのようにメモリ帯域幅に依存せず、計算リソースに依存すると指摘し、したがって演算とオンチップメモリに最適化されたチップが有利になると述べました。彼らは、1 台の Blackhole Galaxy が 512 残基タンパク質に対して NVIDIA DGX B200 のスループットに匹敵し、購入価格の約 5 分の 1 で実現できると報告しています（同等のワークロードと精度を保ったまま、ドル当たりのスループットは約 5 倍）。この数値はプロジェクトの公開ベンチマーク測定に基づいています。

ハードウェアと両社

プラットフォームの Tenstorrent Galaxy Blackhole サーバーは、23 ペタフロップスのブロック FP8 計算性能を持つ 32 個の Blackhole ASIC を搭載しており、6.2 GB のアクセラレータ SRAM と 1 TB の GDDR6 メモリを備えています（ハードウェア仕様）。6U の空冷システムの価格は 160,000 ドルで、4 台の Galaxy Blackhole システムからなるスーパークラスタ構成は 640,000 ドルから開始します。

「日本の研究コミュニティが、世界クラスの AI とデータ主権の保持の間で選択を迫られることは決してあってはならない」と、ai& の CEO 兼共同創業者である David Bennett はローンチ発表で述べました。彼は JapanFold がそのジレンマを解消すると語っています。

「Tenstorrent は高速でスケーラブルな計算を提供し、ai& は日本におけるフルスタックを所有しています」と Tenstorrent の CEO である Jim Keller は述べました。「私たちは協力して、研究者が実際に JapanFold を使えるプラットフォームに仕上げました。」

ai& は 2026 年 3 月に設立された垂直統合型 AI 技術企業で、本社は横浜にあり、データセンターインフラ、異種コンピュート、モデルサービスを単一プラットフォームに統合しています。Keller が率いる Tenstorrent は、開発者、企業、主権インフラ向けに RISC‑V ベースの AI プロセッサとシステムを構築しており、Bezos Expeditions、Samsung、LG Electronics、Hyundai Motor Group、Fidelity などの支援者から 10 億ドル超の資金調達を行っています。両社は JapanFold のローンチを、地域全体の科学研究コミュニティに主権的でオープンソースの AI インフラを提供するための広範な取り組みの第一歩と位置付けています。

原文記事の参照元: tenstorrent.com [1] · tenstorrent.com [2]