JapanFold、オープンソースの創薬計算を日本国内に保つ

ai& と Tenstorrent は 2026年9月3日、国内インフラ上で完全にオープンソースの構造生物学モデルを提供する創薬プラットフォーム JapanFold を立ち上げました。プラットフォームは ai& の主権インフラ上で Tenstorrent Galaxy スーパークラスタによって動作し、両社はすべての計算が国内で実行されると述べています。

日本の研究者、製薬会社、バイオテック企業は、従来のクラウドインフラのコストのごく一部でモデルにアクセスできると両社は説明しています。ai& は推論コストを負担すると述べており、日本の研究者、大学、研究機関はすべてのモデルを無料で利用できます。同社は JapanFold を AI for Science における初の本格的な取り組みと位置付けています。

モデルとアクセス

JapanFold は 3 つのカテゴリにわたるモデルを提供しています。構造と結合親和性予測向けには、Boltz-2、OpenFold3、ESMFold-2、OpenDDE、Protenix-v2、RoseTTAFold3、OpenBind-0、Nesso-1 が利用可能です。デノボ創薬向けには、BoltzGen、RFdiffusion 3、PXDesign を提供し、これらはタンパク質折りたたみから薬剤候補生成までのワークフローを網羅します。ESMC と SaProt は下流タスク向けのタンパク質埋め込みを提供します。

ユーザーはプラットフォームに 3 つの方法でアクセスできます: インストールやサインアップ不要のブラウザベースの Workbench、すべてのモデルが共有する単一の HTTP API エンドポイント、そして Claude Code、Cursor、Codex などのツール向けエージェントスキルです。API は非同期（ジョブは送信され、ポーリングされ、完了後にダウンロードされます）で、デフォルトではキー不要です。オプションで Bearer キーを設定すれば、ジョブを個別の呼び出し元に限定できます。

パブリックサービスは共有コンピュート上で動作する無料デモであるため、入力と同時実行数に上限が設けられ、モデルごに Boltz-2 は 1,024 残基、OpenFold3 は 576 残基といった上限やレートリミット、結果予算があります。ドキュメントではフルプラットフォームにはこれらの制限がないことが記載されています。結果は永続的なストレージではありません: サービスは最新の 1,000 件のジョブを保持し、上限またはストレージ上限に達した場合、最も利用頻度の高い呼び出し元の最古のジョブから順に削除されます。

精度とモデルの制限

ai& は、Tenstorrent プロセッサ上で JapanFold のすべてのモデルを 1:1 の精度で最適化・提供しており、コストプレミアムは発生しません。これはモデルがハードウェア上でほぼ線形にスケールし、プロセッサ数を倍増させると出力も倍増するためです。各リリース前に、プラットフォームの出力は各モデルの公式リファレンス実装とパリティが取れているか検証され、比較テストはデバイスがリファレンスのシード間ノイズフロア内に収まっている場合に合格とされます（精度ドキュメント参照）。

このドキュメントには注意点も記載されています。パリティチェックは根本的な科学ではなくポートを測定し、同一入力に対するリファレンス実装との比較であり、実験構造との比較ではありません。OpenFold3 の重みは、完全な AlphaFold3 スケジュールに達していないプレビューチェックポイントであるため、予測を信頼する前に信頼度スコアを確認すべきです。OpenDDE のチェックポイントはリファレンス実装と一致していますが、難しい抗体‑抗原ターゲットに対する実装側の弱点も含んでいます。

関連投稿で、ai& の共同創業者である原 伸平 と David Bennett は、ローンチの計算経済性を説明しています。折りたたみモデルは言語モデルのようにメモリ帯域幅に依存するのではなく、計算リソースに依存するため、演算とオンチップメモリに最適化されたチップが有利だと述べています。彼らは、1 台の Blackhole Galaxy が 512 残基タンパク質に対して NVIDIA DGX B200 のスループットに匹敵し、購入価格は約 5 分の 1 であると報告しています。すなわち、ワークロードと精度を同じにした場合、ドル当たりのスループットは約 5 倍になると、プロジェクトの公開ベンチマーク測定を引用しています。

ハードウェアと両社

プラットフォームの Tenstorrent Galaxy Blackhole サーバーは、32 個の Blackhole ASIC を搭載し、ブロック FP8 計算で 23 ペタフロップスの性能を持ち、アクセラレータ SRAM が 6.2 GB、GDDR6 メモリが 1 TB です（Tenstorrent のハードウェア仕様参照）。6U の空冷システムの価格は 160,000 ドルで、4 台の Galaxy Blackhole システムからなるスーパークラスタ構成は 640,000 ドルからとなります。

「日本の研究コミュニティが世界クラスの AI とデータ主権の間で選択を迫られることは決してあってはならない」と、ai& の CEO 兼共同創業者である David Bennett はローンチ発表で述べました。彼は JapanFold がそのジレンマを解消すると語っています。

「Tenstorrent は高速でスケーラブルな計算を提供し、ai& は日本でフルスタックを所有しています」と Tenstorrent の CEO である Jim Keller は述べました。「両社が協力し、研究者が実際に活用できるプラットフォームに仕上げました」

ai& は 2026 年 3 月に設立された垂直統合型 AI テクノロジー企業で、横浜に本社を置き、データセンターインフラ、異種コンピュート、モデルサービスを単一プラットフォームに統合しています。Keller が率いる Tenstorrent は、開発者、企業、主権インフラ向けに RISC‑V ベースの AI プロセッサとシステムを構築しており、Bezos Expeditions、Samsung、LG Electronics、Hyundai Motor Group、Fidelity などの投資家から 10 億ドル超の資金調達を行っています。両社は JapanFold のローンチを、地域全体の科学研究コミュニティに主権的なオープンソース AI インフラを提供するための広範な取り組みの第一歩と位置付けています。