Google DeepMind onthult AlphaGenome om de functie van het humane genoom te ontcijferen

Google DeepMind heeft AlphaGenome vrijgegeven op 28 januari, een AI-model dat voorspelt hoe DNA-sequenties worden omgezet in biologische functies, waarbij het tot één miljoen basenparen tegelijk verwerkt en bestaande modellen overtreft in 25 van de 26 variant effect predictiebenchmarks.

Het model, gepubliceerd in Nature en gedetailleerd op de DeepMind-blog, vertegenwoordigt een significante vooruitgang in computationele genomics. Waar eerdere modellen afzonderlijke systemen voor verschillende predictietaken vereisten, behandelt AlphaGenome alles, van genexpressie tot chromatinetoegankelijkheid, in één geïntegreerde architectuur.

“AlphaGenome kan over een lange strekking van DNA kijken en voorspellen waar de kritieke regulerende elementen zijn en hun downstream-effecten op genexpressie,” schreef het DeepMind-team in hun aankondiging. Het miljoen-tokencontextvenster van het model stelt het in staat om lange-afstandsinteracties tussen verre DNA-regio’s te vangen die van invloed zijn op hoe genen worden ingeschakeld en uitgeschakeld.

Hoe het werkt