Microsoft Research, Quine adlı çok modlu bir biyoloji dünya modelini tanıttı

Microsoft Research, 29 Eylül 2026 tarihinde, biyoloji için çok modlu bir dünya modeli etrafında inşa edilmiş bir araştırma çabası olan Quine‘yi tanıttı; modelin orkestrasyon ve akıl yürütme modelleri, bilimsel araçlar, araştırma literatürü, ıslak laboratuvar ve bunu kullanan bilim insanları ekipleriyle bağlanmasını sağlayan etkileşimli bir ara yüz.

Bu duyuruyla birlikte, Microsoft ilk Quine Fellows kohortuna başvuruları açtı ve MIT ve Harvard’ın Broad Institute’ındaki araştırmacılarla çalışarak, sistemini tümör hücre durumunda terapötik kaymalar yaratması öngörülen bileşikleri sıralamak için kullandığını, üst sıralarda yer alan birkaç adayın ise birden fazla ıslak laboratuvar denemesinde doğrulandığını bildirdi.

Duyuru, VP ve seçkin bilim insanı Nicolo Fusi ile başkan yardımcısı Jonathan M. Carlson tarafından hazırlanmıştır.

Biyolojik Ölçekler Arasında İnşa Edilen Bir Dünya Modeli

Microsoft, peşinde olduğu dünya modelini, bir biyolojik sistemin durumunu temsil eden, bu durumun bir müdahale altında nasıl değişeceğini öngören ve sonraki adımlardaki sonuçları birkaç adım öteye düşünerek akıl yürüten bir model olarak tanımlıyor. Şirket, böyle bir sistemin deneyleri yerine geçmeyeceğini; bunun yerine araştırmacıların sınırlı laboratuvar kaynaklarını ayırmadan önce aday yönleri bilgisayar ortamında değerlendirmelerine ve sıralamalarına olanak tanıyacağını belirtiyor.

Quine’in temel modeli, biyolojik ölçekler ve veri tipleri arasında paylaşılan temsilleri öğrenmek üzere eğitilir; bunlar arasında dizi, yapı, işlev, hücresel durum ve görüntüleme bulunur. Eğitim modaliteleri genomik, protein, kimya, RNA ve hücre durumu ile biyogörüntülemeyi kapsar. Microsoft, bu modaliteler arasında ortak eğitimin performansı zayıflatmak yerine güçlendirdiğini rapor ediyor: bir modaliteden elde edilen kanıtlar, diğerinde yapılan tahminleri bilgilendirebilir ve şirketin ayrı tek‑alan uzman modellerinin orkestrasyonu durumunda izole kalabilecek veya kaybolabilecek ilişkileri yakalar.

Microsoft’un tanımına göre, sistem bilim insanı ile başlayıp onunla sona eren bir döngü olarak çalışır: bir soru öneriler üretir, öneriler yürütmeye değer deneylere dönüşür ve ortaya çıkan ölçümler hem bir sonraki soruyu hem de modeli kendisini iyileştirir. Şirket, modelin mükemmel olması gerekmediğini, biyolojiyi asla tamamen yakalayamayacağını, ancak deney tasarımını faydalı şekilde yönlendirmek için yeterli olduğunu ekliyor.

Quine proje sayfası, eş zamanlı olarak geliştirilen üç bileşeni tanımlar: kendisi, proteinler, hücreler, dokular ve genomlar arasında kanıtları bağlamak için inşa edilen model; araştırmacıların soruları adımlara bölmelerine, modelleri ve bilimsel araçları uygulamalarına, kanıtları değerlendirmelerine ve planları revize etmelerine yardımcı olmak amacıyla tasarlanmış bir araç katmanı; ve Microsoft bilim insanları, bursiyerler, işbirlikçileri ve deneysel ortakların sistemi gerçek biyolojik sorulara karşı test ettiği bir araştırma programı. Sayfa, Quine’e besleyen araştırma hatlarını 2021 ile 2026 yılları arasında tarihleyerek proteinler, düzenleyici genom, tümör mikroçevresi, doku patolojisi, mikroskopi ve biyolojik verileri kapsadığını belirtir.

Microsoft Research, hesaplamanın biyolojiyle kesiştiği alanda, immünoloji, viroloji, genomik, biyomedikal görüntüleme, hücre biyolojisi ve protein mühendisliği dahil olmak üzere yirmi yıldan fazla süredir çalıştığını ve Quine’in kanser biyolojisi, protein mühendisliği, genomik ve biyogörüntüleme gibi alanlarda keşif yürütme biçimlerinde merkezi bir rol haline geldiğini belirtiyor.

Pankreas Kanserinde Islak Laboratuvar Doğrulaması

Duyuru, sistemi belirli bir vaka üzerine temellendiriyor: Microsoft’un en yaygın pankreas kanseri biçimi ve tedavisi en zor olanı olarak tanımladığı pankreatik duktal adenokarsinom (PDAC). Broad Institute araştırmacılarıyla birlikte, şirket yıllar boyunca hasta kaynaklı ex vivo modelleri geliştirip uygulayarak uzun süredir var olan bir hipotezi test etti: bir tümörün davranışı ve ilaçlara yanıtının, sadece genetiğine değil, aynı zamanda transkripsiyonel hücre durumuna da bağlı olduğu. PDAC tümör hücreleri, tedavi yanıtıyla ilişkili farklı hücresel durumlarda bulunabilir.

Bu iş birliği, Microsoft ve Broad Institute arasında, Dana-Farber Cancer Institute’un desteğiyle yürütülen ortak bir kanser araştırma girişimi olan Project Ex Vivo içinde yer alıyor; amacı kanserde hücre durumlarını tanımlamak, mühendislik yapmak ve hedeflemek. İlk PDAC çalışması, hücre durumunun ve mikroçevresel sürücülerinin terapötik önemini inceledi.

Microsoft, Quine’i binlerce bileşiği, tümör hücrelerini terapiyle ilgili durumlar arasında hareket ettirme potansiyellerine göre puanlamak ve sıralamak için kullandığını rapor ediyor. Klasik hücre durumlarından bazal hücre durumlarına geçişe odaklanan ıslak laboratuvar çalışmalarında, şirket, Quine’in en üstte sıraladığı bileşiklerin hücreleri testlerde amaçlanan yönde en uzak mesafeye taşıdığını ve en güçlü etkilerden birkaçının beklenmedik etki mekanizmalarına sahip bileşikler olduğunu belirtiyor; bu sonuçları Microsoft, yapay zekanın ilaç yeniden konumlandırma ve keşif fırsatlarını ortaya çıkarabileceğine dair erken bir gösterge olarak tanımlıyor.

Microsoft’a göre, bileşik arama alanını daraltıp laboratuvar doğrulaması için kısa bir aday listesi seçmeye kadar olan süreç tek bir hafta sonu sürdü; bu hızı, aylarca süren deneysel çalışmaları ve önemli araştırma maliyetlerini potansiyel olarak tasarruf ettirecek bir tempo olarak tanımlıyor.

Ters kayma, bazal durumdan klasik duruma geri dönüş, daha zor oldu; şirketin, mevcut bileşiklerin bu yönde daha zayıf etkiler üreteceği yönündeki Quine tahminiyle eşleştiğini söylediği bir sonuç. Deneyler ayrıca, birkaç bileşiğin hücreleri sürekli olarak farklı bir üçüncü fenotipe iteceği yönündeki ayrı bir Quine tahminini de doğruladı; Microsoft bunun, pankreas kanseri hücre durumu manzarasının basit bir klasik-bazal eksenden daha karmaşık olduğunu gösterdiğini belirtiyor. Bu çalışmadaki bir sonraki adımlar, yeni RNA veri setleri ve görevlerinin entegrasyonu, durum geçişi tahminlerinin keskinleştirilmesi ve bilim insanlarının en güçlü hipotezleri kuru laboratuvar testleri için sıralayabilmesi amacıyla kalibre edilmiş güven tahminlerinin eklenmesini içeriyor.

Burs Şartları, Güvenceler ve Aşamalı Erişim

Microsoft, Quine’ın yalnızca araştırma amaçlı kullanılan deneysel bir araştırma teknolojisi olduğunu, klinik veya tıbbi kullanım için tasarlanmadığını ve çıktılarının eksik veya hatalı olabileceğini, bu nedenle nitelikli araştırmacılar tarafından gözden geçirilmesi ve uygun bilimsel ve deneysel çalışmalarla doğrulanması gerektiğini belirtiyor. Erişim, şirketin “kasıtlı, aşamalı yaklaşım” olarak adlandırdığı bir model kapsamında sunuluyor: ilk kullanılabilirlik Quine Fellows programı ve seçilmiş araştırma iş birlikleriyle sınırlı, iç denetim ve yerleşik güvencelerle devam ediyor. Microsoft, teknolojinin olgunlaşmasıyla Microsoft Discovery gibi ürünler aracılığıyla erişimin daha sonra genişletileceğini öngörüyor.

Burs programı 16 hafta sürüyor, maddi destek sağlıyor ve Cambridge, Massachusetts’teki Microsoft Research tarafından düzenleniyor. Doktora adayları, doktora sonrası araştırmacılar, araştırma bilimcileri ve akademik ya da bağımsız araştırmacılar için açık. Katılımcılar, Quine ve bilgi işlem kaynaklarına erişimi olan Microsoft araştırmacılarıyla birlikte çalışacak ve bazı projeler deneysel destek de alabilecek. İlgi alanları arasında protein tasarımı ve mühendisliği; enzim tasarımı, keşfi ve optimizasyonu; hücre durumunun genetik ve kimyasal pertürbasyonu; az kaynaklı hastalık alanlarında erken aşama terapötik araştırma, hipotez ve bileşik önceliklendirmesi; ve tasarım ile deney arasındaki daha hızlı yineleme sürecinin sonucu değiştirebileceği ilgili problemler yer alıyor.

Burs sayfası, garanti verilmesinin ne seçim ne de erişim anlamına gelmediğini ve katılım ile desteğin uygunluk, seçim, kapasite ve yazılı burs şartlarına bağlı olduğunu vurguluyor. İlk kohort için başvurular 29 Eylül 2026’da açıldı ve 2 Kasım 2026’ya kadar devam etti; burs programı ise 7 Haziran 2027’den 24 Eylül 2027’ye kadar planlanıyor.