GPT-Rosalind Ajanlarından Fare Beyni Akıl Yürütme Atlası

OpenAI, 21 Ekim 2026’da kendisinin, PerturbAI’ın ve Scripps Research’ün GPT-Rosalind destekli binlerce yapay zekâ ajanını kullanarak fare beynindeki milyonlarca hücreye ait mevcut deney verilerini 32 dakikada analiz ettiğini ve ajanların raporlarını kamuya açık bir akıl yürütme atlasında bir araya getirdiğini duyurdu.

Dağıtık Biyolojik Akıl Yürütme

OpenAI’ın dağıtık biyolojik akıl yürütme adını verdiği bu yaklaşımda analiz, fare beyninin tamamında gen bozulmalarının farklı hücre türlerini nasıl etkilediğini gösteren bir veri kümesi olan tüm beyin CRISPR atlasını inceleyen binlerce ajana bölündü. Her ajan bir gen bozulmasını araştırdı, hücresel tepkileri analiz etti, bilimsel literatürü taradı ve sonuçlar için olası açıklamalar ortaya koydu. Ajanların raporları, genleri, hücresel etkileri, ilgili yayınları ve olası biyolojik mekanizmaları birbirine bağlayan bir akıl yürütme atlasında birleştirildi.

OpenAI, araştırma ekibinin, her seferinde tek bir pertürbasyonu inceleyen benzer insan analizleri ve literatür taramalarının aylar ile bir yıl arasında süreceğini tahmin ettiğini belirtti. Ajanlar, insan analizlerinde elde edilen bulguları yeniden ortaya koyarken ek araştırma ipuçları da buldu; yenilik ve bilimsel değer değerlendirmeleri ise sonuçlardan habersiz insan uzmanların yargılarıyla örtüştü.

University of Cambridge’de Kök Hücre Tıbbı Kürsüsü başkanı ve Human Cell Atlas’ın kurucu eş başkanı Sarah Teichmann, OpenAI’ın duyurusunda şunları söyledi: “Hücre atlaslarını, başka bilim insanlarının henüz hayal bile etmediğimiz keşifler yapabilmesi için oluşturuyoruz. Yapay zekâ, daha fazla araştırmacının bu kaynakları incelemesine ve beklenmedik gözlemleri sınanacak yeni sorulara dönüştürmesine yardımcı olabilir.”

Bu çalışmaya eşlik eden Dağıtık yapay zekâ ajanları, biyolojik içgörülerin kapsamlı biçimde ve büyük ölçekte keşfedilmesini sağlıyor başlıklı ön baskı, 16 Ekim 2026’da bioRxiv’de yayımlandı ve hakem değerlendirmesinden geçmedi. Yazarlar, Howard Hughes Medical Institute ve Scripps Research, OpenAI, PerturbAI ve University of California San Diego ile bağlantılı; sorumlu yazar olarak Scripps Research’ten Xin Jin gösteriliyor. Çıkar çatışması beyanına göre yazarlardan altısı OpenAI, ikisi PerturbAI çalışanı; Grace Zheng ve Xin Jin ise PerturbAI’ın kurucu ortakları.

Tsc2 Farklılığı ve Kolesterole İlişkin Bir Araştırma İpucu

Duyuruya göre ajanlar, hücre büyümesi, metabolizma ve yaşlanmanın başlıca düzenleyicilerinden mTOR’u birlikte kontrol eden Tsc1 ve Tsc2 genleri arasında beklenmedik bir farklılık saptadı. Bu genlerden herhangi birinin bozulması, çeşitli nöron gruplarında benzer etkilere yol açtı. Hareketlerin eşgüdümüne yardımcı olan beyincikte Tsc2’nin bozulması, nöronlar arası iletişimde rol oynayan onlarca genin etkinliğini değiştirirken Tsc1’in bozulması çok az değişikliğe neden oldu.

Duyuruda, tüberosklerozlu kişilerde beyincik anormalliklerinin TSC2 mutasyonlarıyla güçlü biçimde ilişkili olduğu belirtiliyor. Ayrıca mTOR etkinliğini azaltan ilaçlar bazı beyin tümörlerini ve nöbetleri tedavi edebilse de hastalıkla ilişkili öğrenme ve davranış güçlüklerinin ele alınmasının hâlâ zor olduğu vurgulanıyor. Ajanlar, daha ayrıntılı incelenmek üzere belirli bir nöron grubunu ve hücresel değişiklikleri saptadı.

Ajanlar, mutasyonları Parkinson benzeri belirtilerle seyreden nörodejeneratif bir hastalık olan Perry sendromuna yol açan DCTN1 genine ilişkin de bir araştırma ipucu buldu. DCTN1, nöronların içinde hücresel yüklerin taşınmasında rol oynuyor; atlas verilerine göre Dctn1’in bozulması, kolesterol üretiminde görevli genlerin ifadesini artırdı. Ajanlar bu gözlemi, kolesterol taşınmasındaki sorunların hücrelerin daha fazla kolesterol üretmesine yol açabileceğini öne süren araştırmalarla ilişkilendirdi. Bu da DCTN1 bozulmasının nöronlardaki kolesterol dağılımını değiştirip değiştirmediği ve bu değişikliklerin nörodejenerasyona katkıda bulunup bulunamayacağına ilişkin yeni araştırma sorularını gündeme getirdi. Duyuruya göre insan uzmanlar bu hipotezi yeni, önemli ve izlemeye değer buldu.

UCSF’de nörolojik cerrahi doçenti olan Tomasz Nowakowski, nöron işlevi ile kolesterol metabolizması arasındaki olası bağlantının, farklı alanlara dağılmış ipuçlarının bir araya getirildiğinde hastalık biyolojisini düşünmek için yeni bir yol sunabileceğini gösterdiğini söyledi.

Dağıtık Ajanlar ve Tek Bir Ajanın Karşılaştırılması

Ekip, model ve kaynakları sabit tutarak, tüm veri kümesi verilen tek bir ajanın paralel çalışan binlerce ajanın performansına ulaşıp ulaşamayacağını sınadı. İş yükü arttıkça tek ajan literatürün daha azını taradı ve en yüksek iş yükünde yalnızca 11 kaynağa atıfta bulundu; dağıtık ajanlar ise 700’den fazla kaynağa atıf yaptı. İnsan uzmanlar, sonuçlardan habersiz yapılan karşılaştırmalarda dağıtık ajanların raporlarını tek ajan raporlarına kıyasla %75 oranında tercih etti.

Ön baskıya göre ajanlar, kaynak makaleye erişimleri olmadan makalenin sonuçlarını yeniden elde etti, analiz dışında tutulan pertürbasyonların etkilerini öngördü ve farklı etki güçlerinde ortak ya da zıt sonuçlar veren pertürbasyonlar arasındaki ilişkileri belirledi. Yazarlar, dağıtık ajanların iş yükü arttıkça literatür kapsamını da genişlettiğini ve tek ajan kipine kıyasla yüzlerce kat fazla kaynağa ulaştığını belirtiyor. Ayrıca sonuçlardan habersiz insan uzmanlar, ajanların keşif sıralamalarını destekledi.

Atlas, Kod ve Veri Kümesine Erişim

Akıl yürütme atlası ve temelindeki Distributed Agents çerçevesi, MIT lisansı altında yayımlanan bir GitHub deposunda herkese açıktır. Depoda, makaledeki analizler, şekiller ve ek tablolar için kullanılan ajan çalışma zamanı, korpus araçları ve not defterleri yer alır. Ayrıca Bulgular’ı, İddialar’ı, destekleyici kanıtları ve analiz araçlarını sunan MCP uç noktalarına sahip, barındırılan salt okunur bir korpus hizmeti de belgelenmektedir. Barındırılan sunucu ham veri kümesi dosyalarını içermediğinden depo, çerçevenin Codex CLI aracılığıyla yerel olarak nasıl çalıştırılacağına ilişkin talimatları da sunar. bioRxiv atıfını, lisansı ve barındırılan hizmet belgelerini güncelleyen deponun en son commit’i 21 Ekim 2026 tarihini taşır.

İncelenen veri kümesi, Hugging Face’te PerturbAI’ye ait tüm beyni kapsayan in vivo CRISPR Perturb-seq atlasıdır. Veri kümesi kartında, toplam 205 GB’lık 7.739.370 satırdan oluşan 7,7 milyon hücre bulunduğu; 19.070 mRNA ve 8.588 sgRNA üzerinde tek çekirdek düzeyinde profilleme yapılarak hastalıklarla ilişkili yaklaşık 2.000 genin etkilerinin ölçüldüğü belirtiliyor. Hücre açıklamaları Allen Institute Whole Mouse Brain Taxonomy’den alınmış. Kartta, atlasın temel yayını olarak Mart 2026 tarihli bioRxiv makalesi “Genome-scale functional mapping of the mammalian whole brain with in vivo Perturb-seq” gösteriliyor.

OpenAI, araştırmacıların atlası ilişkili genleri karşılaştırmak, beklenmedik tepkileri incelemek ve üzerinde çalışmaya değer umut verici ipuçlarını belirlemek için kullanabileceğini; bulguların, öne sürülen biyolojik mekanizmaları sınamak için gereken ek deneylere öncelik verilmesine yardımcı olduğunu belirtti.