COVID-19 Open AI Consortium – Entretien avec le Dr Stephen Weng, chercheur principal

Le Covid-19 Open AI Consortium (COAI) a l'intention d'apporter des découvertes médicales révolutionnaires et des résultats exploitables dans la lutte contre la pandémie de Covid-19.

COAI vise à augmenter la recherche collaborative, pour accélérer le développement clinique de traitements efficaces contre le Covid-19 et partager toutes ses découvertes avec la communauté médicale et scientifique mondiale. COAI réunira des collaborateurs : institutions académiques, chercheurs, data scientists et partenaires industriels, pour lutter contre la pandémie de Covid-19.

Il s'agit de la seconde de trois entretiens avec les principaux dirigeants de COAI. Le premier entretien était avec Owkin's Sanjay Budhdeo, MD, Développement des affaires.

Stephen Weng est professeur adjoint d'épidémiologie intégrée et de science des données qui dirige la recherche en science des données au sein du Groupe de recherche en médecine stratifiée en soins primaires.

Il intègre les méthodes épidémiologiques traditionnelles et la conception de l'étude avec de nouvelles approches basées sur l'informatique, exploitant et interrogeant les «grandes données de soins de santé» des dossiers médicaux électroniques à des fins de modélisation de la prédiction des risques, de phénotypage des maladies chroniques, de recherche sur les méthodes de science des données et de traduction de la médecine stratifiée dans les soins primaires.

Vous avez récemment rejoint le COVID-19 Open AI Consortium (COAI) en tant que chercheur principal principal. Pouvez-vous nous dire ce qui vous a poussé à rejoindre ce projet ?

Depuis un an, je collabore avec Owkin et des partenaires européens à des projets visant à améliorer la prévention secondaire du syndrome coronarien aigu. Lorsque Owkin a lancé le COVID-19 Open AI Consortium, tirant parti de sa technologie, de son expertise et de notre infrastructure pour contribuer à la lutte mondiale contre le COVID-19, c'était un choix évident et un choix naturel pour rejoindre les consortiums. Nous avons d'excellents partenaires qui sont des cardiologues de premier plan à travers l'Europe parmi notre groupe d'investigateurs de nos consortiums précédents. Grâce à ces ressources et à cette expertise, nous avons pu agir très rapidement et à un rythme suffisant pour lancer ce consortium en quelques semaines et, en fin de compte, améliorer notre compréhension de la progression de la maladie, de l'étiologie sous-jacente et des facteurs de risque dans nos populations.

Un pourcentage de la population atteinte de COVID-19 présente des signes de dommages cardiovasculaires. Quels types de problèmes cardiaques sont observés ?

Il existe des preuves émergentes que les facteurs de risque cardiovasculaire et les maladies cardiovasculaires sont un contributeur majeur à la gravité de la maladie. Une analyse récente de 17000 cas de COVID-19 qui ont nécessité des hospitalisations au Royaume-Uni a identifié que les maladies cardiaques étaient présentes dans 29% de tous les cas hospitalisés. Les facteurs de risque cardiovasculaire sous-jacents, notamment l'âge, l'hypertension artérielle, l'obésité, l'hypertension et le diabète de type 2, contribuent de manière significative à la gravité de la maladie.

Croyez-vous que nous comprenons actuellement pourquoi le COVID-19 provoque ce type de lésions cardiaques ?

Il reste encore de nombreuses questions auxquelles il faut répondre concernant l'épidémiologie autour de la progression et de la gravité du COVID-19, en particulier en ce qui concerne les patients atteints de maladies cardiaques. Les patients atteints de maladies cardiaques courent un risque accru de développer une maladie grave pouvant nécessiter une assistance cardiorespiratoire dans une unité de soins intensifs. La gravité de la COVID-19 et la progression vers des issues graves sont probablement dues à certaines lésions directes du système cardiovasculaire, qui peuvent être aiguës. Le type exact de lésion cardiaque chez les patients COVID-19 nécessite une enquête plus approfondie.

Quel sera votre rôle au sein de COAI ?

Je suis un épidémiologiste et un scientifique des données spécialisé dans la recherche sur le pronostic des résultats cardiovasculaires. Une grande partie de mon travail consiste à approfondir de très grands ensembles de données pour répondre à ces questions cliniques. Dans mon rôle, en plus d'essayer directement de répondre à certaines de ces questions de recherche importantes en tirant parti de ma capacité à accéder à de vastes ensembles de données démographiques, j'essaie également d'aider d'autres universitaires et collègues à contribuer à nos consortiums.

De quel type de personnes avons-nous besoin pour rejoindre le projet COAI afin de maximiser son efficacité ?

Non seulement il est important d'obtenir un plus grand nombre de scientifiques et de collègues cliniciens qui contribuent aux données, mais nous devons également accroître la diversité de nos ressources de données. Nous savons que le COVID-19 a un large spectre de gravité allant des individus asymptomatiques à une maladie très grave entraînant la mort. Différents types de données à travers le spectre des milieux de soins de santé, des soins primaires aux soins secondaires, sont nécessaires pour répondre à ces questions sur la progression et la gravité de la maladie.

Vous êtes actuellement professeur adjoint d'épidémiologie intégrée et de science des données et dirigez la recherche en science des données au sein du groupe de recherche sur la médecine stratifiée en soins primaires de l'Université de Nottingham. Pouvez-vous discuter des façons possibles d'utiliser les mégadonnées pour cibler le COVID-19 avec les informations dont nous disposons ?

Nous avons quelques grands ensembles de données que nous pouvons exploiter. Les principaux gains ont été les investissements récents dans la liaison des données qui ont vraiment été mis en action et nous commençons à voir ces initiatives porter leurs fruits. En fait, nous nous engageons à obtenir l'accès à de grandes cohortes de population qui ont maintenant été liées aux soins primaires, aux dossiers hospitaliers, aux registres des décès et aux données de test COVID-19. De plus, ces données ont la possibilité d'étudier les influences génétiques sur les résultats du COVID-19. Ces liens ne sont rendus possibles qu'avec l'essor des liens de données volumineuses et des grandes biobanques de population. En raison de la quantité de données et de variables rassemblées, les modèles d'IA qu'Owkin a développés et perfectionnés sont en effet très utiles pour analyser efficacement les données rapidement afin d'en tirer des informations significatives.

Quelles informations devons-nous rassembler pour faire de la médecine de précision un outil efficace dans le traitement des patients atteints de COVID-19 ?

Gamme plus diversifiée de types de données, y compris l'imagerie, la génétique, les biomarqueurs ainsi que les caractéristiques cliniques et les données démographiques des patients.

Dans un monde parfait, quel type de données devrait être collecté auprès des patients COVID-19 ?

Dans une maladie aussi nouvelle que le COVID-19, je ne pense pas qu'il y ait et qu'il devrait y avoir un plafond maximum de données nécessaires. Il existe un terme « nous ne savons pas ce que nous ne savons pas encore », donc plus nous pourrons rassembler de types de données et d'informations, plus nous pourrons être utiles à l'avenir. Par exemple, combien d'avancées des connaissances en génomique avons-nous connues parce que nous avons pu séquencer les données et les garder accessibles aux chercheurs dans les biobanques ? Je vois cela se produire COVID-19. Si nous créons une ressource de données diversifiée et importante maintenant, je ne doute pas que de nouvelles découvertes émergeront pour aider notre compréhension à l'avenir.

Devrions-nous également collecter des données auprès du segment de la population qui est immunisé contre le COVID-19, afin de mieux comprendre ce qui les rend immunisés ?

En épidémiologie, le choix du groupe de comparaison est extrêmement important. Le risque à bien des égards est relatif. Si notre base de référence commence par l'admission à l'hôpital, nous ne comprenons également l'étiologie de la maladie que chez ceux qui présentent des symptômes plus graves. Je pense qu'une meilleure compréhension des individus asymptomatiques et de ce qui les rend asymptomatiques vis-à-vis du COVID-19 est absolument nécessaire. Combien de thérapies sont développées en raison de l'étude des mutations de gain de fonction ou de la perte de mutations de fonction qui se produisent naturellement dans les populations.

Merci pour l'interview fantastique. Les lecteurs qui souhaitent en savoir plus, peut lire notre article décrivant le projet COAI.

La première interview de cette série était avec Owkin's Sanjay Budhdeo, MD, Développement des affaires.

La troisième entrevue de cette série était avec Folkert W. Asselbergs, chercheur principal

Vous pouvez également visiter le site Web du Covid-19 Open AI Consortium.