Colossal presenta GenoMorph con IA para identificar objetivos de edición genética del dodo

El 14 de octubre de 2026, Colossal Biosciences presentó GenoMorph, una plataforma de inteligencia artificial desarrollada para identificar objetivos de edición genética en especies con datos genómicos limitados, y anunció que el sistema había identificado un estimado de 2.300 elementos reguladores candidatos del ADN asociados con el tamaño y la forma del pico de las aves en el programa de desextinción del dodo de la compañía.

La compañía, con sede en Dallas, anunció la plataforma junto con una serie de avances en su línea de investigación aviar: un ensamblaje del genoma del dodo considerablemente mejorado, creado con tecnología de su proyecto del lobo terrible; una colonia ampliada de palomas de Nicobar; nuevas células germinales primordiales derivadas de palomas de Nicobar; las primeras quimeras de pollo con células madre embrionarias que han nacido; y un sistema de nanopartículas lipídicas para introducir herramientas de edición genética en embriones de aves. Colossal afirmó que, en conjunto, estas capacidades proporcionan la base genómica, celular y reproductiva necesaria para convertir los rasgos previstos del dodo en modificaciones validadas experimentalmente. El anuncio se basa en los avances que la compañía comunicó en 2025 en células germinales primordiales de paloma, sustitutos de pollo con edición genética y genomas aviares comparativos. Colossal, fundada por el empresario Ben Lamm y el genetista George Church, se describe como la primera compañía en aplicar la tecnología CRISPR a la desextinción de especies.

La plataforma GenoMorph

GenoMorph combina la genómica comparativa, la biología del desarrollo y la morfología 3D de alta resolución para predecir qué elementos reguladores pueden estar activos durante el desarrollo e identificar aquellos que están más estrechamente asociados con las diferencias en la forma física. A diferencia de los genes codificantes de proteínas, que contienen las instrucciones para formar un animal, el ADN regulador controla cuándo, dónde y con qué intensidad se activan esas instrucciones, y da forma a rasgos como el tamaño y la estructura del cráneo y el pico de un ave.

Para crear la plataforma, el equipo aviar de Colossal elaboró lo que denomina un atlas regulador aviar a partir de cientos de muestras de pollos, codornices, patos y palomas, que abarcan seis etapas del desarrollo embrionario y tres regiones de la cara en desarrollo. El equipo combinó esos datos con genomas y mediciones del cráneo derivadas de tomografías computarizadas de más de 70 especies de aves, incluida la paloma de Nicobar, el pariente vivo más cercano del dodo; las mediciones se cartografiaron mediante 541 puntos de referencia anatómicos.

Al aplicar el análisis al programa del dodo, se identificaron 653 elementos reguladores candidatos asociados con el tamaño del pico y 1.698 asociados con su grosor y anchura. Colossal afirmó que los resultados no demuestran que esos elementos causen dichos rasgos, sino que ofrecen objetivos priorizados para pruebas experimentales. Los elementos cuya influencia en el desarrollo craneofacial se confirme podrán considerarse después para la edición precisa del genoma de la paloma de Nicobar.

«La desextinción es tanto un problema de datos como un problema de biología», afirmó Ben Lamm, director ejecutivo y cofundador de Colossal. Explicó que, dado que sobreviven muy pocos genomas de dodo, la compañía no puede basarse en las comparaciones a nivel poblacional disponibles para muchas especies vivas, y que GenoMorph, en cambio, aprende cómo el ADN regulador da forma a las aves actuales antes de identificar los interruptores genéticos que podrían haber contribuido a la anatomía característica del dodo. Lamm describió la plataforma como un método reproducible para especies extintas cuyos registros genómicos son igualmente limitados.

De la predicción a la validación experimental

La compañía afirmó que los elementos candidatos están entrando en estudios de validación funcional y que aquellos cuya influencia en el desarrollo craneofacial se confirme podrían priorizarse para su edición precisa en el genoma de la paloma de Nicobar. Beth Shapiro, directora científica, afirmó que la anatomía característica del dodo surgió de redes de instrucciones reguladoras difíciles de interpretar a partir únicamente del ADN antiguo, y que combinar la amplitud de la diversidad de las aves actuales con la IA permite a GenoMorph priorizar los cambios reguladores que con mayor probabilidad dieron forma al dodo y someterlos a validación funcional.

«No se puede entrenar a una IA para que responda a una pregunta precisa sobre el desarrollo usando únicamente datos genéricos», afirmó Anna Keyte, directora de especies aviares de Colossal. Explicó que el equipo necesitaba captar cómo cambia la actividad reguladora entre especies, etapas del desarrollo y regiones de la cara, y que crear el conjunto de datos requirió más de un año de trabajo experimental especializado.

Los hallazgos preliminares se presentaron en la Craniofacial Gordon Research Conference y en la reunión anual de 2026 de la Society for Molecular Biology and Evolution. Un póster de congreso, elaborado por investigadores de Colossal y colaboradores académicos, detalla el método subyacente: una red neuronal convolucional entrenada con datos de accesibilidad de la cromatina obtenidos de disecciones craneofaciales de embriones de paloma, pollo, codorniz y pato en seis etapas de desarrollo, que luego se utilizó para predecir la accesibilidad en un alineamiento de 363 especies de aves. El póster informa de una precisión predictiva promedio, medida como área bajo la curva ROC, de 0,863 dentro de una misma especie y de 0,848 entre especies. Un análisis de regresión filogenética entre la accesibilidad predicha y las mediciones de la longitud del pico obtenidas de VertNet para las 363 especies determinó que 210 de las 293.686 regiones de cromatina abierta analizadas estaban significativamente asociadas con la longitud del pico, con una tasa de falsos descubrimientos inferior a 0,2; el gen CACHD1 se destacó como candidato principal. El póster también informa que la expresión de CACHD1 era mayor en las especies de pico largo durante todo el desarrollo del proceso frontonasal, y que un análisis transcriptómico independiente identificó 356 genes con dinámicas de expresión divergentes entre las especies de pico largo y las de pico corto.

Un genoma del dodo más completo

Colossal también informó de avances en el propio genoma del dodo. El ADN antiguo sobrevive en fragmentos cortos y dañados, y los métodos convencionales de ensamblaje alinean esos fragmentos con un genoma de referencia de una especie viva, en este caso la paloma de Nicobar, lo que puede hacer que se descarten los fragmentos demasiado divergentes para alinearse. Esto puede dejar huecos en el ensamblaje y sesgar el genoma reconstruido hacia la especie viva.

El método iterativo de ensamblaje publicado por la empresa, desarrollado durante su programa del lobo terrible, utiliza ADN del dodo recién alineado para actualizar progresivamente el genoma de referencia y permitir que fragmentos que antes no podían alinearse llenen los huecos en cada ronda sucesiva, hasta que la cantidad de secuencias recién recuperadas alcanza una meseta. Colossal informó que ahora tiene cubierto al menos 5 veces el 95 % de las bases del genoma del dodo, con una cobertura promedio de 65 veces. Shapiro dijo que el equipo se encuentra en las etapas finales del análisis del genoma del dodo y que habrá más novedades cuando el artículo sobre el genoma haya pasado la revisión por pares.

Crecimiento de la colonia, células madre y edición de embriones

Colossal amplió a 36 aves su colonia de palomas de Nicobar en Texas, tras la reproducción exitosa de parejas ya establecidas. Los huevos recogidos durante la temporada de reproducción más reciente se utilizaron para obtener células germinales primordiales de paloma de Nicobar, que finalmente se desarrollan para convertirse en espermatozoides y óvulos. Colossal afirmó que establecer estas células es esencial para crear ediciones genómicas heredables y producir futuras generaciones de aves portadoras de características seleccionadas del dodo. La empresa también está desarrollando un genoma de la paloma de Nicobar de telómero a telómero para mejorar el ensamblaje existente a nivel cromosómico, y planea volver a alinear los datos de secuenciación recientemente disponibles del solitario de Rodrigues, un pariente extinto del dodo, con la referencia mejorada para aumentar su cobertura y exhaustividad.

Los científicos de la empresa también lograron incubar los primeros pollos quiméricos producidos mediante una nueva plataforma basada en células madre embrionarias de aves. Según Colossal, esto confirma que las células cultivadas conservan el potencial de desarrollo necesario para integrarse en un embrión huésped y contribuir a sus tejidos. El sistema de cultivo se está adaptando a las palomas para poder probar células madre editadas en palomas quiméricas y evaluar sus efectos previstos sobre el fenotipo antes de realizar ediciones en células germinales primordiales, con lo que se establecería una plataforma de evaluación fenotípica.

Por último, Colossal informó que desarrolló una plataforma de administración basada en nanopartículas lipídicas que introduce ADN, ARN y herramientas de edición genética CRISPR en embriones de aves en desarrollo, y que mejora la viabilidad embrionaria en comparación con los métodos de administración tradicionales. En los experimentos de la empresa, la edición del regulador del desarrollo óseo Runx2 produjo un fenotipo craneofacial claro, y el sistema se ha utilizado en embriones de paloma bravía y pato. Colossal afirmó que sus científicos utilizan la plataforma para validar casi en tiempo real los elementos reguladores identificados por GenoMorph, que los candidatos más sólidos se están incorporando a células germinales primordiales de paloma de Nicobar para realizar más estudios de edición de precisión, y que se ha enviado al servidor de prepublicaciones bioRxiv un manuscrito que describe la plataforma.