Naheed Kurji，Cyclica 联合创始人、总裁兼首席执行官 – 访谈系列

纳希德·库尔吉 (Naheed Kurji) 是 循环是一家总部位于多伦多的生物技术公司，利用人工智能和计算生物物理学重塑药物发现过程。 Cyclica 为制药行业提供了一个集成的、全面的、端到端的支持平台，增强了科学家为患者设计、筛选和个性化药物的方式，最近被 Deep Knowledge Analytics 评为 20 强人工智能之一。全球制药公司

Cyclica 利用人工智能和计算生物物理学重塑药物发现过程。 您能讨论一下在这个过程中如何使用人工智能吗？

自 80 世纪 2 年代以来，技术在药物发现中发挥了关键作用。 然而，药物发现和开发过程仍然非常低效、耗时且昂贵，12 年时间耗资超过 XNUMX 亿美元。 效率低下往往会导致高损耗率和未能达到药物安全性和有效性里程碑。 研究人员意识到了这一点，他们正在积极寻找工具来全面了解定义最佳药物的品质，以便开发更安全、更有效的药物

云计算、人工智能和生物物理学的最新进展创造了从现有的大量生化、生物、医疗保健和患者数据中获得深入洞察的机会，以便更好地了解疾病。 这些进步还使药物化学家能够增强新疗法的设计，并使用人工智能在药物开发过程的早期推动更大的预测见解。 在 Cyclica，我们开发了专有的深度学习引擎、MatchMaker 和 POEM 来支持药物设计过程。 MatchMaker 预测化合物和药物如何与多种蛋白质相互作用，称为多重药理学。 我们发现基于知识和基于结构的方法的结合产生了最大的预测准确性和性能。 POEM（帕累托最优嵌入式建模）是一种无参数监督学习方法，用于构建药物特性预测模型，解决了其他 ML 方法的一些局限性，从而减少了过度拟合并提高了可解释性。

在 Cyclica，我们使用人工智能为科学家提供强大且经过验证的平台，以加速决策和假设生成，从而提高药物发现过程的整体效率并减少下游失败的数量。

Cyclica设计了Ligand Design和Ligand Express平台，这到底是什么？

我们是第一家通过集成药物发现平台来研究计算多药理学（药物与多个靶点相互作用的认识）的公司，该平台可以在蛋白质组范围内探究分子相互作用。我们的平台由两个关键部分组成：Ligand Express（我们的第一代脱靶分析和目标解卷积平台）和 Ligand Design（我们的下一代单靶点和多靶点计算机模拟药物设计技术）。 Ligand Express 和 Ligand Design 由两个内部构建、经过验证并获得专利的机器学习和深度学习引擎提供支持：MatchMaker 和 POEM。 MatchMaker 深深植根于蛋白质生物物理学，是一种深度学习药物靶标相互作用引擎，可泛化数据丰富和数据贫乏的靶标（请参阅此处和此处的验证说明）。 POEM 是一种用于吸收、分布、代谢和排泄 (ADME) 属性预测的机器学习技术，是一种新颖的无参数模型构建方法。

总而言之，Ligand Design 和 Ligand Express 提供了一个强大的端到端人工智能增强药物发现平台，用于设计先进的、化学新颖的先导分子，同时根据化合物的多药理学特征对化合物进行优先级排序，有效地最大限度地减少不良的脱靶效应。 我们的差异化平台为药物发现开辟了新的机遇，包括多靶点和多目标药物设计、先导化合物优化、ADMET 特性预测、靶标解卷积和药物再利用。 在一支多元化、高素质的团队的推动下，我们在机器学习、计算生物物理/化学/生物学、生物化学和药物化学方面拥有深厚的专业知识，我们将通过强大的研发渠道继续创新。

将医学发现权力下放给 Cyclica 商业模式有多重要？

我们的愿景是将我们在人工智能 (AI) 和蛋白质生物物理学方面的深厚根基与创新的商业模式相结合，分散更好药物的发现。 Cyclica 精神的核心是坚定地希望通过采取整体而个性化的方法来推动更好药物的发现和开发，从而帮助患者。

为此，我们相信药物发现的未来掌握在创新研究机构和新兴生物技术公司手中（我们在《福布斯》上写过这一点） 此处）。 支持我们的理念的是，2019 年 IQIVIA 报告称，新兴生物制药公司占研发管线总量的 70% 以上（高于 50 年的 2003%），并且这些公司在 2 年获得了超过 3/2018 的新药专利（高于 50%）在2010年）。 虽然新兴生物技术公司将引领药物发现创新，但大型制药公司将继续投资推进后期临床试验并通过其销售渠道渗透市场。

借助 B 系列资金，我们将加快商业计划，通过创新的去中心化合作伙伴模式推进不断增长的临床前和临床资产管道。 我们的目标是创建并拥有数百个跨多个治疗领域的药物发现项目。 这些项目是通过与顶级研究机构的分拆和合资企业 (JV) 创建的，主要通过 Cyclica 学术合作项目 (“CAPP”) 推动。

在由 30 多个活跃且先进的药物发现项目组成的快速增长的投资组合的推动下，我们将继续通过风险创建以及与早期和新兴生物技术公司建立合作伙伴关系来激发创新。 最近的合作伙伴包括 EntheogeniX Biosciences、NineteenGale Therapeutics、Rosetta Therapeutics、罕见疾病医学加速器以及两个秘密合资企业，涵盖多个治疗领域的 50 多个项目。 通过执行去中心化的业务模式，通过分拆和合资企业创建新公司并帮助它们扩大规模，我们实际上正在创建未来的生物技术管道。

你们的许多技术都是基于云的，为什么这如此重要？

访问云使我们能够通过计算扩展我们正在执行的工作流程，并受益于受监管的安全基础设施。 此外，作为一家早期公司，能够在不投资自己的硬件的情况下启动并运行云，这对于我们早期的财务生存能力至关重要。 展望未来，虽然我们的大部分研发工作都是在云上完成的，但在过去几年中，我们对云的依赖程度有所降低，能够在单台机器上运行项目。 我们还致力于支持私有云安装，因为我们认为我们的合作伙伴可能希望这样做。 技术进步使得在个人笔记本电脑上完成过去需要在云上使用许多机器才能完成的任务成为可能，但通过继续利用云，我们能够极大地扩展我们正在解决的问题的范围。

Cyclica 经常在与其合作的公司中持有股权。 您能讨论一下这背后的商业原因吗？

较小的生物技术公司和学术团体在合作机会方面通常被市场忽视。 尽管与成熟的大型制药公司相比，它们可能没有资源、基础设施或设施，但小型生物技术公司凭借在特定适应症方面深厚的主题专业知识以及有利于快速创新的精益组织的优势，越来越多地成为人们关注的焦点。

这促使我们思考如何以前卫的战略与这些小公司合作。 我们与研究组织中有兴趣创办公司或早期生物技术公司的科学家合作，并通过实物捐助为他们提供我们的人工智能增强药物发现平台。 作为回报，将股权纳入公司和/或分享所创建和追求的化合物和资产的所有权。 通过风险创建和合作伙伴关系的结合激发创新浪潮，我们可以获取更大的价值并与合作伙伴建立长期关系，以解决一系列未满足的医疗需求，从而改善患者的生活。

Entheogenix生物科学公司 是 Cyclica 和 ATAI Life Science 的合资企业。 Entheogenix Biosciences 到底是什么？

神经精神领域存在着独特的创新机会，可以更好地为患有复杂精神疾病的患者提供服务。 目前依赖单靶点药物干预的药物和疗法往往效果不佳，需要患者服用多种药物，这可能会带来潜在的安全问题并降低药物依从性。 我们与 ATAI Life Science 合作，利用他们在心理健康和迷幻药方面的丰富经验，同时为他们提供人工智能增强药物发现平台，不仅可以创造新药，还可以创造治疗精神疾病的正确药物。 Entheogenix Biosciences 是我们成立的众多合资企业之一，它证明了我们的信念：通过将我们的疾病对抗性、强大且经过科学验证的计算平台交给主题专家来改变精神健康疾病的治疗范式和世界一流的科学家。

关于 Cyclica 您还有什么想分享的吗？

我们非常高兴地宣布我们已完成 B 轮融资。 我们同样渴望分享 Cyclica 学术合作计划 (CAPP) 的启动以及未来几个月的新合作伙伴关系。

感谢您接受采访。 我期待关注未来的进展 循环.